Naše društvo osnovano je 1999. godine i nastalo je kao rezultat samostalne specijalizacije iz parodontologije, odnosno odvajanjem od takozvane „trojne“ specijalizacije dentalne i oralne patologije s parodontologijom, a prema preporuci Europske federacije za parodontologiju (EFP) iz 1996. godine.
Tijekom proteklih godina aktivnosti Hrvatskog parodontološkog društva bile su vrlo intenzivne i s jedne strane kretale su se prema približavanju EFP-u i njihovim preporukama, te s druge strane promociji parodontologije kao moderne struke koja sve više zauzima mjesto u svakodnevnoj stomatološkoj praksi.